提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
【坚定信心 勇毅前行⑰】北京:加快复工复产******
【坚定信心 勇毅前行⑰】
光明日报记者 张景华 董 城
近日,记者来到位于北京市顺义区的中德产业园走访,在威乐水泵工厂,看到9条生产线全部开足马力满产运转。“如今,工厂生产平稳,近期公司到岗率和达产率接近100%,实现逆势增长。”威乐水泵政府事务总监荣光表示,“良好的营商环境让我们能够平稳发展,这对企业来说非常重要!中国市场的表现必将增强德国总部的信心,进一步加大在中国的投资和布局。未来中国市场将很快取代德国成为集团内全球第一大市场。”
在德尔格安全设备(中国)有限公司,同样是一片繁忙景象。公司2022年12月的订单交付不降反增,确保了2022年销量目标的达成。公司运营负责人李益军表示:“基于对中国市场持续增长潜力的认可,2023年德尔格安全业务总部进一步加大在中国的研发投入,预算比去年增加20%。”
面对来之不易的成绩,北京中德产业园管委会副主任郝利杰表示,目前北京中德产业园已集聚了德资企业90家,含隐形冠军企业27家、智能制造企业52家。中德产业园第二批招商团队,也将在不久后赴德出访,后续中德产业园将分多个批次开展访德计划,扩大产业园在德影响力,挖掘更多中德产业合作的新机会、新生态、新效能。
目前,落户中德产业园区的外资企业正在加快复工复产。据统计,2022年前11个月,北京市实际利用外资172.3亿美元,按可比口径同比增长14.6%,引资规模已超2021年全年水平。防疫政策优化实施后,随着员工康复返岗,产能全面恢复,多数工厂处于满产运行状态,企业对2023年的发展充满信心。
《光明日报》( 2023年01月09日 01版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)